Originalmente comprende el conjunto de América del Sur al oeste de la línea de demarcación establecida en el Tratado de Tordesillas en 1494, el virreinato se extendía desde Panamá, en el norte de la Patagonia en el sur, y desde el Océano Pacífico hacia el este a un meridiano longitudinal en aproximadamente 44 grados oeste, excluyendo partes del norte de América del Sur (Venezuela contemporánea), que estaban bajo la jurisdicción de la Nueva España.
El virreinato del Perú tuvo su sede en Lima y tenía jurisdicción sobre toda la América del Sur, excepto la colonia portuguesa de Brasil. Para mejorar la comunicación en la colonia, en 1717 se creó el virreinato de Nueva Granada y se incluye Panamá, Venezuela, Colombia, parte de Ecuador, Guyana y parte del norte de Brasil.