En los colegios reales, cuyos estudiantes generalmente vivían internos, se impartían los mismos cursos  que se dictaban en la Universidad de San Marcos, ya que cumplían una suerte de función auxiliar con determinadas universidades, como el caso de los colegios San Felipe y San Martín, que servían de internado para los alumnos de la Universidad de San Marcos.

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La educación intermedia se basaba en los estudios mayores , los cuales determinaban el oficio  a desempeñar en la sociedad.