La Santa Inquisición fue creada por el Rey Felipe II en 1569 y no era sino una filial provincial del Consejo de la Suprema y General Inquisición española. La Inquisición de Lima entró en funciones en 1570, siendo Virrey del Perú Francisco de Toledo.

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El Tribunal comenzó sus acciones en un local alquilado que se ubicaba al frente de la Iglesia de la Merced, en 1584 se trasladó a la casa de Nicolás de Rivera el mozo, donde funcionó hasta que fue abolida en 1812.

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La Inquisición  tenía la función de velar y vigilar el cumplimiento de la Religión Católica, mediante tormentosas torturas hacían declarar culpable  a los acusados, sin embargo hubieron sentenciados que fueron inocentes y padecieron  horribles condenas, incluso llegaron a morir quemados en   la hoguera.