Fueron organismos que funcionaron en la misma colonia para ejecutar las disposiciones emanadas de España:

El Virrey: 

Era el representante personal del rey de España en el virreinato. Como suprema autoridad del virreinato fue el encargado de impartir justicia, administrar el tesoro público y velar por la evangelización de los indígenas. Al final de su gobierno era sometido a! "juicio de residencia", que lo hacía el Consejo de Indias.

Las Audiencias: 

Son juzgados que tenían como función principal la administración de justicia (a nivel de las Cortes Superiores). También cumplían con funciones políticas, actuaban como Consejos Consultivos de los virreyes y, por ausencia de éstos, asumían la dirección del gobierno colonial
 

Los Corregimientos: 

Los corregimientos fueron divisiones administrativas y territoriales, semejantes a las actuales provincias, estaban a cargo de un corregidor, nombrado por el Consejo de Indias.

Las Intendencias: 

Al ser suprimidos los corregimientos, por Carlos III, como consecuencia de la rebelión de Túpac Amaru II, se instauraron las intendencias que eran circunscripciones territoriales semejantes a los actuales departamentos, bajo el modelo francés. El Virreinato del Perú tuvo, al final de la colonia, las siguientes intendencias: Lima, Trujillo, Tarma, Puno, Arequipa, Cusco, Huancavelica y Huamanga.

Los Cabildos: 

Denominados también, ayuntamientos, municipalidades o consejos municipales, fue una institución de origen medioeval que se trasplantó a América. Les correspondía administrar arbitrios, presidir espectáculos públicos, organizar fiestas pomposas al llegar los nuevos virreyes, vigilar el aseo de la dudad, inspeccionar las calles y organizar la baja policía.