Las primeras universidades de la colonia fueron fundadas en aquellos lugares que la corona considerara centros claves para el gobierno de su extenso imperio. En ellas formarían a las futuras élites que ocuparían los cargos más importantes .

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Dentro de las universidades que se crearon en el virreinato podemos mencionar las siguientes:

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- La real y pontifica universidad de San Marcos,  decana de América, el 12 de Mayo del 1551. 

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- La Universidad de San Cristóbal de Huamanga, fundada en 1667, por el obispo don Cristóbal de Castilla y Zamora. Después de una serie de dificultades de carácter económico y de la oposición de San Marcos, se resuelve su funcionamiento.