El conocimiento médico durante el virreinato fue rudimentario y empírico. A pesar de enseñarse en las universidades, la medicina solo se restringió a aminorar las dolencias que no causaban muerte, como el caso de un resfrío o torceduras de huesos. Cuando el enfermo se agravaba el médico ya no tenía mucho por hacer pues no poseía la técnica ni los conocimientos necesarios para curar enfermedades como el cáncer, hidropesía, apoplejía, "alfombrilla" o tercianas, muy comunes y estudiadas durante el virreinato.
Fue común que los barberos, entre sus muchas actividades, se dedicaran a la práctica empírica de la medicina. Los escritos indican que fueron especialistas en sacar muelas y en preparar ungüentos y "parches" para los huesos. Barbero y médico empírico fue San Martín de Porres antes de consagrarse hermano lego dominico.